Совет Альянса — постоянно действующий коллегиальный орган управления — формируется так, чтобы в нем были представлены все государства-участники МСАП, а также страны Евразийского региона
В настоящее время в Совет входят эксперты от Армении, Республики Беларусь, Казахстана, Кыргызстана, Молдовы, России, Узбекистана. Таким образом, обеспечивается максимальная информированность и комплексный подход при обсуждении и выработке рекомендаций по вопросам развития конкуренции и антимонопольного регулирования в регионе